Ян народився в місті Моспине Донецької області. Після закінчення 11-ти класів місцевої школи його призвали на строкову службу. Проходив її в 1-му полку охорони особливо важливих державних об'єктів у місті Дніпрі. Там же підписав свій перший контракт.
У 2007 році вступив до Харківської академії Національної гвардії України, яку закінчив з червоним дипломом. У 2011-му за розподілом потрапив у Донецьк до Окремого батальйону конвоювання, екстрадиції та охорони підсудних. Наступного року познайомився зі своєю майбутньою дружиною Ганною, яка тільки-но прийшла служити в ту ж частину.
Після захоплення Донецька незаконними збройними формуваннями у червні 2014 року майбутнє подружжя змушене було покинути обласний центр. Спочатку переїхали до Бердянська, потім – до Харкова. Врешті зупинилися у Слов’янську Донецької області.
«У листопаді 2014-го ми одружилися. Разом служили у військовій частині 3035. У січні 2016-го у нас народилася донечка Арина. Здавалося, що нарешті все налагодилося – є сім’я, житло, машина. І ось 24 лютого 2022 року, коли Ян був на посаді командира патрульного батальйону, йому зателефонував командир частини та сказав: почалося!», – розповіла дружина Ганна.
Під час повномасштабного вторгнення Ян Карпенко служив у 18-й бригаді НГУ. Спочатку обіймав посаду командира патрульного батальйону, згодом став заступником командира військової частини.
«Мій чоловік ніколи не боявся за себе. Він завжди казав: для мене головне ви, мої дівчатка», – додала Ганна.
Посмертно Яна Карпенка нагородили орденом Богдана Хмельницького ІІІ ступеня.
Поховали захисника в Дніпрі на Краснопільському кладовищі.
