Народився Юрій 24 березня 1983 року в селищі Опішня Полтавської області. Проживав у Полтаві. Закінчив місцеве професійно-технічне училище, де опанував професію помічника бурильника. Працював у Полтавському управлінні бурових робіт. Був помічником бурильника та майстром зі встановлення бурових замків.
Юрій любив природу. Не боявся роботи. Був позитивним, вірним і чесним.
4 травня 2022 року чоловіка призвали до війська. Маючи проблеми зі здоров’ям, дружину з ІІ групою інвалідності з дитинства та неповнолітнього сина, він став на захист держави. Воював у лавах 1-ї роти спеціального призначення 3-го взводу спеціального призначення 1 відділу спеціального призначення 20-го окремого батальйону спеціального призначення, що в складі Окремої президентської бригади імені гетьмана Богдана Хмельницького.
«Юрій був сміливим, справедливим, відповідальним, чесним, завжди турбувався про рідних і друзів. Перебуваючи в зоні бойових дій, неодноразово рятував життя побратимів, ризикуючи власним. За їхніми словами, був мужнім воїном, користувався повагою. Щирий, відвертий, надійний товариш, який завжди приходив на допомогу. Ніколи ні на що не скаржився, гідно, з оптимізмом переживав труднощі. Усі завжди дивувалися його силі, міці та витривалості. Юрочка назавжди залишився справжнім прикладом мужності для свого сина», – написала дружина Наталія.
За відвагу Юрія відзначили низкою нагород, серед них – нагрудний знак «Ветеран війни», відзнаки 20-го ОБСП і Полтавської міської громади «Захисник України – Герой міста Полтава». Посмертно його нагородили орденом «За мужність» III ступеня.
Юрія Кононенка поховали в секторі почесних поховань Меморіалу Пам’яті Героїв у селі Затурине під Полтавою.
У нього залишилися дружина, син і рідні.
