Народився Сергій 22 вересня 1975 року в російському селі Катутіно, де працювала його мати. Коли йому був рік, вона з ним повернулася в Україну.
Сергій здобув середню освіту. У 1990-х роках проходив строкову службу в Прикордонних військах, де отримав сержантське звання. У цивільному житті працював водієм у будівельній компанії. Багато працював, щоб забезпечувати родину. Мешкав у Києві.
Коли 24 лютого 2022 року почалося повномасштабне вторгнення, Сергій із сім'єю виїхав до батьків у Білоцерківський район. Там 19 березня він добровільно долучився до лав територіальної оборони. Згодом перейшов до 72-ї окремої механізованої бригади імені Чорних Запорожців, а потім – до новоствореної 32-ї окремої механізованої Сталевої бригади. Обіймав посаду головного сержанта 2 відділення 3 механізованого взводу 9 механізованої роти 3 механізованого батальйону.
Сергій був людиною діла. Він дуже беріг спокій своїх рідних – дружини Галини, доньки Марії та сина В'ячеслава. Рідко розповідав про жахи війни, не ділився подробицями фронтового побуту. «Багато будете знати – гірше буде тільки вам», – казав він.
Поховали Сергія Науменка в селі Оріховець на Київщині.
У нього залишилися дружина, син і донька.
