Юрій народився 16 квітня 1977 року в селищі Рудниця Тульчинського району Вінницької області. Закінчив місцевий ліцей. У мирному житті працював заступником директора супермаркету «Таврія В».
Під час повномасштабної війни, 30 січня 2023 року, Юрія мобілізували до лав Військово-морських сил ЗСУ. Обіймав посаду командира відділення зенітного артилерійського взводу 37-ї окремої бригади морської піхоти.
За службу Юрія Ніконова відзначили медаллю «Учасник бойових дій» та відзнакою командувача оперативно-стратегічного угруповання військ «Одеса».
Поховали захисника у рідній Рудниці.
У нього залишилися дружина, мати та двоє синів.