Сергій народився 13 травня 1977 року в Одесі. Навчався у школі №11. Опісля служив в армії. У молоді роки цікавився нумізматикою, грав у футбол і захоплювався комп’ютерами. Велику частину життя працював у контрольно-ревізійному відділі торговельної мережі магазинів «Копійка».
У травні 2022 року Сергія призвали на військову службу до лав Національної гвардії України. Він служив в 11-й бригаді імені Михайла Грушевського. Спершу був командиром 3-го відділення 1-го взводу оперативного призначення, а з березня 2023-го обіймав посаду головного сержанта 1-го взводу 3-ї роти оперативного призначення.
«Він був чесною та принциповою людиною, яка не мирилася з несправедливістю. Сергій мав багато друзів, умів підтримати й допомогти. Найвищою цінністю для нього завжди залишалася родина. Побратими поважали його за мужність, витримку, рішучість і турботу про особовий склад. Він завжди залишався поруч зі своїми бійцями – як командир і як людина. За словами побратимів, він був для них і за батька, і за матір. Завжди оберігав і підтримував.
Сергій не мав іти на своє останнє завдання, але пішов разом зі своїми. Побратими шість годин несли його на собі під загрозою повторних обстрілів, щоб гідно провести Героя в останню путь. Сергій був порядним, справедливим і мужнім, відданим воїном, прекрасним другом і братом, люблячим сином. Саме таким він назавжди залишиться у пам’яті рідних, друзів і побратимів», – написала подруга і колега Ольга Москаленко.
Захисника нагородили відзнакою «За оборону України», а посмертно – орденом «За мужність» ІІІ ступеня.
Поховали Сергія Шушкова в Одесі на Західному кладовищі.
У нього залишилися мама, сестра та племінники.