Володимир народився 26 листопада 1965 року в селі Плесецьке на Київщині. Закінчив Київський національний університет імені Тараса Шевченка, де отримав диплом генетика. 

Під час повномасштабного вторгнення, в січні 2023 року, чоловіка мобілізували до лав Збройних сил України. Він обіймав посаду командира гранатометного взводу в 32-й окремій механізованій Сталевій бригаді. З перших днів у війську проявив себе як талановитий керівник. 

«Він ніколи не ховався за нами, завжди був попереду. Навіть на перший бойовий вихід у Новоселівському пішов із нами. За день до своєї загибелі він особисто приніс мені БК, бо вранці був запеклий бій, і я вистріляв усі гранати. Увесь той час він розносив боєкомплект хлопцям на позиції», – розповів побратим Микола.

Товариші по службі кажуть, у ньому поєднувалася суворість, справедливість і чудове почуття гумору.

«Був випадок, коли командир наказав зайняти позицію, за моїми спостереженнями, вкрай небезпечну та пристріляну ворогом. Я йому кажу: «Володимировичу, ця позиція призведе до загибелі хлопців». Він вислухав, поїхав у штаб і приїхав із новою точкою. Ця позиція виявилася значно кращою. Він не був із тих, хто вперто стоїть на своєму, він умів слухати. Він постійно дбав про навчання взводу, заохочував досвідчених бійців ділитися знаннями з новачками та організовував тренувальні стрільби, щоб кожен був готовий до реального бою. Його поважали, йому вірили, на нього рівнялися», – додав Микола.

Посмертно Володимира Прокопенка нагородили орденом Богдана Хмельницького III ступеня. 

Поховали оборонця в Києві.

У нього залишилися дружина Надія та донька Марія.